Os Jesuítas ajudaram a proteger os indígenas da exploração de diversas formas. Eles atuaram como defensores dos povos nativos, muitas vezes intercedendo em favor deles junto às autoridades coloniais e denunciando abusos cometidos por colonizadores e outros grupos. Além disso, os Jesuítas se dedicaram à catequização dos indígenas, o que, apesar de controverso, muitas vezes resultou em uma proteção indireta dos nativos, uma vez que os convertidos passavam a ter direitos e proteção especial por parte da Igreja. Também é importante mencionar que os Jesuítas preconizavam uma forma de relação mais pacífica e respeitosa com os povos indígenas, o que contribuiu para minimizar os conflitos e a exploração dessas comunidades.
