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Citologista e embriologista belga nascido em Louvain ou Leuven, grande investigador no campo da reprodução das espécies, pioneiro na descrição da meiose (1887), o processo de formação dos gametas, ao demonstrar a constância do número de cromossomos nas células, decrescendo para metade durante a maturação e restaurando-se após a fertilização. Iniciou seus estudos trabalhando com seu próprio pai, P. J. van Beneden, um professor de zoologia e pesquisador dos grupos de protozoários e nematóides. Entrou (1870) para a Universidade de Liège, de onde não mais saiu, dedicando-se inicialmente aos seus estudos de morfologia comparativa.
Publicou (1883) uma série de pesquisas sobre uma lombriga, a Ascaris megalocephala, demonstrando que a fecundação consistia na união de dois pronúcleos, um feminino e outro masculino, com cada um sendo portadores da metade dos cromossomos que cada célula precisa. Demonstrou também que o número de cromossomos no núcleo de célula seria constante para cada espécie e que os cromossomos permaneceram inalterados em uma divisão de celular para a formação de uma próxima. Assim, estudou o comportamento de cromossomos durante a meiose, a divisão de redução, e ajudou clarificar o papel deles na hereditariedade e desenvolvimento (1883). Finalmente publicou o resultado geral de suas conclusões em Erkenntnisse über Chromosomen (1887) e morreu em Liège.