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Durante a regência, a questão da centralização política incitou a organização de diferentes revoltas que constantemente ameaçavam a unidade do território brasileiro. Na região sul, as elites pecuaristas se colocaram em um delicado confronto com o governo federal ao se revoltarem com a política fiscal promovida na época. Onerosos tributos eram cobrados sob a produção do charque, do couro e dos muares que representavam os principais gêneros exportados pela elite pecuarista gaúcha.
Na década de 1830, as autoridades do governo resolveram intensificar as cobranças sob tais gêneros com a criação de postos fiscais que garantiriam a cobrança junto aos produtores de charque gaúchos. Essa política adotada acabava beneficiando a entrada do charque uruguaio no mercado brasileiro, que diferentemente dos gaúchos, arcava com uma alíquota alfandegária bem menor. Insatisfeitos com essa situação, um grupo de grandes proprietários organizou um levante que derrubou o governador provincial em 1835.
O sucesso obtido na ação dos revoltosos – liderados por Bento Gonçalves – marcou a deflagração da Revolução Farroupilha, também conhecida como Guerra dos Farrapos. Primeiramente, os farrapos (assim conhecidos pelo lenço vermelho que tinham preso a suas vestes) dominaram a cidade de Porto Alegre e exigiram a nomeação de um novo presidente de província. No ano seguinte, em 1836, com a intransigência do poder central, os primeiros confrontos aconteceram entre os farrapos e as tropas oficiais.
Inicialmente, as forças de repressão conseguiram enfraquecer a ação dos farrapos promovendo a retomada da capital. Após a batalha de Seival, os farrapos demonstraram sua resistência ao proclamarem a criação da República Rio-Grandense, com sede na cidade de Piratini, e dirigida por Bento Gonçalves. Em resposta, os legalistas venceram a batalha de Fanfa, onde aprisionaram vários revoltosos, incluindo o presidente Bento Gonçalves.
Nos dois anos seguintes, os confrontos se alongaram e os farrapos ganharam o apoio de duas novas lideranças revolucionárias: o brasileiro David Canabarro e o italiano Giuseppe Garibaldi. Com o apoio destes exímios combatentes, os revolucionários conseguiram novas vitórias. Em julho de 1839, partiram em direção de Santa Catarina, onde conquistaram a cidade de Laguna e proclamaram o surgimento da chamada República Juliana.
Com o prolongamento do conflito, o governo designou o Barão de Caxias para conduzir as tropas da Guarda Nacional. Nessa mesma época, dissidências políticas e a crise econômica acabaram ameaçando as intenções dos revolucionários. De fato, nenhum dos lados desta guerra tinha condições suficientes para oferecer resistência. Com isso, o próprio governo optou em desmobilizar os farrapos atendendo a sua principal reivindicação: o aumento da taxa sobre o charque estrangeiro.
A partir de então, o Barão de Caxias começou a articular as negociações que, finalmente, encerrariam essa penosa guerra. Após serem derrotados na batalha dos Porongos, em 1844, os farrapos enviaram um grupo que negociaria secretamente a rendição das tropas insurgentes na capital federal. Em março de 1845, o tratado do Ponche Verde garantiu os interesses dos revolucionários gaúchos e a hegemonia territorial do império.