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Eram deuses gigantes, filhos de Urano e Gaia, irmãos dos titãs e dos ciclopes, que possuíam cem braços e cinqüenta cabeças. Estes seres foram libertos do ventre de Gaia por Cronos, que após assumir o poder entre os deuses, trancou os hecatônquiros no tártaro, uma espécie de inferno.
Zeus, filho de Cronos, lutou contra seu pai com a ajuda de sua mãe e assumiu o reinado dos deuses. Nessa guerra contra Cronos e os outros titãs, Zeus libertou os hecatônquiros para ajudá-lo na luta. Por possuírem tantos braços, estes seres eram hábeis no arremesso de pedras, atirando tantas pedras que os Titãs acabaram achando certa vez, que a montanha por onde passavam estava desabando.
Após a luta entre os Titãs e os deuses do Olimpo, Zeus se tornou o senhor dos deuses e os hecatônquiros se estabeleceram em palácios no rio Oceanus como protetores das portas do Tártaro.