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Médico e bacteriologista japonês nascido em Kitanosato, província de Higo, hoje prefeitura de Kumamoto, que, em Hong Kong descobriu quase que simultaneamente com o bacteriologista francês Alexandre Yersin, o bacilo Pasteurella pestis, o agente infeccioso da peste bubônica (1894). Estudou os bacilos do tétano e da difteria em Berlim, com Emil von Behring (1885-1891).
Pioneiro na obtenção da cultura pura do bacilo do tétano (1889) e na demonstração, com Behring, do valor da antitoxina para prevenção da doença (1890). Retornou ao Japão (1892) e fundou, próximo a Tóquio, um laboratório que foi incorporado (1899) ao Instituto Imperial Japonês para o Estudo de Doenças Infecciosas. Demonstrou que culturas mortas podem ser utilizadas para elaboração de vacinas e também estudou a infecção pela tuberculose. Deixou e Instituto Imperial para fundar o Instituto Kitasato (1914) e morreu em Tóquio.